令和8年度 医療機関・薬局向けシステム改修補助金（オンライン資格確認・マイナ診察券導入）
紹介動画
目的
病院、診療所、薬局等の医療機関に対して、医療費助成の受給者証や診察券をマイナンバーカードと一体化するためのシステム改修費用を補助します。オンラインでの資格確認を推進することで、医療事務の負担軽減やコスト削減を図るとともに、患者がマイナンバーカード1枚で受診できる環境を整備し、利便性の向上と医療現場のデジタル化を支援することを目的としています。
申請スケジュール
お問い合わせ先：
オンライン資格確認等コールセンター：0800-080-4583（通話無料）
受付：月〜金 8:00〜18:00 / 土 8:00〜16:00（祝日除く）
- 改修内容の検討と実施
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随時（申請前までに完了）
対象となるレセコン等の改修を実施します。本補助金はすでに改修が完了している場合も対象となります。
- 薬局：上限3.6万円〜5.4万円
- 病院：上限28.3万円〜60.0万円（再来受付機改修の有無等による）
- 診療所：上限5.4万円
- 申請書類の準備
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改修完了後、速やかに
申請に必要な以下の書類を準備します。
- 領収書および領収書内訳書
- システム改修に係るチェックシート（ベンダーに記入依頼）
- 【薬局のみ】申請区分確認シート、施設基準届出書の写し（様式84または様式3等）
- 公募期間（オンライン申請）
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- 公募開始：2026年05月15日
- 申請締切：2026年09月30日
医療機関等向け総合ポータルサイトより申請手続きを行います。昨年度より申請期間が短縮されているため、準備ができ次第、速やかに申請することが推奨されています。
- 審査・補助金交付
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- 交付決定通知：審査完了次第
申請受理後、社会保険診療報酬支払基金にて審査が行われます。審査を通過し、交付決定がなされた後に補助金が支給されます。進捗状況はポータルサイト等で確認可能です。
対象となる事業
医療機関や薬局が「医療費助成のオンライン資格確認」を導入し、さらに「医療費助成の受給者証と診察券をマイナンバーカードに一体化」するためのシステム改修を支援する補助金制度です。医療機関・薬局の医療事務コストを削減し、患者さんの利便性を向上させることを目的としています。
■A 病院向け補助金
病院が医療費助成のオンライン資格確認やマイナ診察券の導入を行うための改修を支援します。
＜改修の選択肢＞
- 医療費助成の受給者証情報をオンラインで取得するためのレセコン改修
- 医療費助成の受給者証情報をオンラインで取得するとともに、マイナ診察券で受付を行うためのレセコン等の改修
- マイナ診察券で受付を行うためのレセコン等の改修
＜補助額・補助率＞
- 再来受付機等の改修を含む場合：事業費120万円を上限にその2分の1が補助（最大60.0万円）
- 再来受付機等の改修を含まない場合：事業費56.6万円を上限にその2分の1が補助（最大28.3万円）
＜補助対象経費＞
- レセコンの改修費用
- 再来受付機等の改修・導入費用
- 購入した際のオプション費用
＜申請期間＞
- 2026年（令和8年）5月15日（金）から2026年（令和8年）9月30日まで
■B 診療所向け補助金
診療所が医療費助成のオンライン資格確認やマイナ診察券の導入を行うための改修を支援します。
＜改修の選択肢＞
- 医療費助成の受給者証情報をオンラインで取得するためのレセコン改修
- 医療費助成の受給者証情報をオンラインで取得するとともに、マイナ診察券で受付を行うためのレセコン等の改修
- マイナ診察券で受付を行うためのレセコン等の改修
＜補助額・補助率＞
- 事業費7.3万円を上限にその4分の3が補助（最大5.4万円）
＜補助対象経費＞
- レセコンの改修費用
補助内容
■1 薬局における補助内容
＜補助対象となる改修内容＞
- 医療費助成の受給者証情報をオンラインで取得するためのレセコン改修
＜補助額（千円未満切捨て）＞
| 区分 | 事業費上限 | 補助率 | 補助上限額 |
|---|---|---|---|
| 大型チェーン薬局以外 | 7.3万円 | 3/4 | 5.4万円 |
| 大型チェーン薬局 | 7.3万円 | 1/2 | 3.6万円 |
■2 病院における補助内容
＜選択肢①：医療費助成情報のオンライン取得改修＞
| 区分 | 事業費上限 | 補助率 | 補助上限額 |
|---|---|---|---|
| 一律 | 56.6万円 | 1/2 | 28.3万円 |
＜選択肢②・③：マイナ診察券・受付改修＞
| 区分 | 事業費上限 | 補助率 | 補助上限額 |
|---|---|---|---|
| 再来受付機等の改修を含む場合 | 120万円 | 1/2 | 60.0万円 |
| 再来受付機等の改修を含まない場合 | 56.6万円 | 1/2 | 28.3万円 |
■3 診療所における補助内容
＜補助額（全選択肢共通）＞
| 対象選択肢 | 事業費上限 | 補助率 | 補助上限額 |
|---|---|---|---|
| 選択肢①、②、③ いずれか | 7.3万円 | 3/4 | 5.4万円 |
＜選択肢の概要＞
- 選択肢①：医療費助成情報のオンライン取得改修
- 選択肢②：医療費助成情報のオンライン取得 ＋ マイナ診察券受付改修
- 選択肢③：マイナ診察券受付改修のみ
対象者の詳細
薬局
医療費助成の受給者証情報をオンラインで取得するためのレセコン改修を行う薬局が対象です。
申請に必要な書類：
1. 領収書、2. 領収書内訳書、3. システム改修に係るチェックシート、4. 申請区分確認シート、5. 施設基準に係る届出書等の写し
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大型チェーン薬局以外
補助額：最大5.4万円（事業費上限7.3万円、補助率3/4） -
大型チェーン薬局
補助額：最大3.6万円（事業費上限7.3万円、補助率1/2）
診療所
以下のいずれかの改修を行う診療所が対象です。補助額はいずれのケースも最大5.4万円（事業費上限7.3万円、補助率3/4）となります。
申請に必要な書類：
1. 領収書、2. 領収書内訳書、3. システム改修に係るチェックシート
-
2 医療費助成情報取得 ＋ マイナ診察券受付のためのレセコン改修
※一括申請が必要
病院
以下のいずれかの改修を行う病院が対象です。改修内容や再来受付機の有無により補助上限が異なります。
申請に必要な書類：
1. 領収書、2. 領収書内訳書、3. システム改修に係るチェックシート
-
1 医療費助成情報のオンライン取得のためのレセコン改修
補助額：最大28.3万円（事業費上限56.6万円、補助率1/2） -
2 医療費助成情報取得 ＋ マイナ診察券受付のための改修
再来受付機等の改修を含む場合：最大60.0万円（補助率1/2）、再来受付機等の改修を含まない場合：最大28.3万円（補助率1/2） -
3 マイナ診察券で受付を行うためのレセコン等の改修
再来受付機等の改修を含む場合：最大60.0万円（補助率1/2）、再来受付機等の改修を含まない場合：最大28.3万円（補助率1/2）
【共通情報】
申請期間：2026年（令和8年）5月15日（金）～2026年9月30日まで
申請方法：医療機関等向け総合ポータルサイトからのオンライン申請
URL：https://iryohokenjyoho.service-now.com/csm
お問い合わせ：オンライン資格確認等コールセンター（0800-080-4583）
公式サイト
- 公式ホームページ
- https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/kenkou_iryou/iryou/iryouhijosei-iryoukikan.html
- 厚生労働省 公式ウェブサイト
- https://www.mhlw.go.jp/
- 厚生労働省 医療費助成のオンライン資格確認 特設ページ
- https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/kenkou_iryou/iryou/iryouhijosei.html
- 医療機関等向け総合ポータルサイト 補助金案内ページ
- https://iryohokenjyoho.service-now.com/csm?id=kb_article_view&sysparm_article=KB0011504
- 医療機関等向け総合ポータルサイト トップページ
- https://iryohokenjyoho.service-now.com/csm
- デジタル庁 PMH（自治体・医療機関等をつなぐ情報連携システム）ページ
- https://www.digital.go.jp/policies/health/public-medical-hub#medical-institution
- PMH 運用開始済自治体一覧
- https://www.digital.go.jp/policies/health/public-medical-hub#progress
- 厚生労働省 よくある御質問
- https://www.mhlw.go.jp/qa/index.html
- 厚生労働省 電子申請（申請・届出等の手続案内）
- https://www.mhlw.go.jp/shinsei_boshu/denshishinesei/
医療費助成のオンライン資格確認に係る補助金申請は、2026年5月15日（金）より受付を開始し、2026年9月30日が申請締切となっています。申請手続きは「医療機関等向け総合ポータルサイト」にて行われます。
お問合せ窓口
- 募集期間内であっても、予算上限に達し、募集を締め切っている場合がありますので、あらかじめご了承ください。
- 施策のご利用にあたっては、公式のお問合せ窓口までお問い合わせください。