東京都 医療機関診療情報デジタル導入支援事業補助金（令和8年度）
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目的
東京都内の病院や医科診療所に対し、電子カルテシステムの新規導入に必要なコンサルタント活用等の費用を補助します。導入計画の策定やコスト算出に係る負担を軽減することで、医療機関における電子カルテの普及を後押しし、医療情報の円滑な共有や地域医療連携の強化、医療DXの推進を図ることを目的としています。
申請スケジュール
- 申請前の準備
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2026年4月15日以前
事業内容の理解と要件の確認を行います。対象は東京都内の病院または医科診療所です。電子カルテ導入に向けたコンサルタント費用が補助対象となりますが、既存システムの更新費用などは対象外です。
- 申請受付期間
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- 公募開始：2026年04月15日
- 申請締切：2026年10月30日
補助金申請システム「jGrants」を通じてオンラインで申請を行います。交付申請書、事業計画書、経費所要額調などの必要書類を期間内に提出してください。
- 審査・交付決定
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- 交付決定時期：2026年08月以降
東京都による審査が行われ、採択された場合には「交付決定通知」が送付されます。※申請が必ず採択されるわけではない点にご留意ください。
- 補助事業の実施・契約
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- 事業完了期限：2027年03月31日
必ず交付決定通知後に契約事務を開始してください。
原則として一般競争入札または指名競争入札による契約手続きが必要です。2027年3月末までに納品および支払いが完了している必要があります。
- 補助金の支払い
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- 支払予定時期：2027年05月
事業完了後の実績報告を行い、都の承認を経て補助金が支払われます。
対象となる事業
東京都が医療機関の電子カルテシステム導入を支援し、医療情報の共有と連携を促進することを目的としています。医療DX（デジタルトランスフォーメーション）を推進し、電子カルテ導入に必要となるコンサルタント費用などを補助することで、都内の医療機関における医療情報の共有と地域医療連携の強化を図ります。
■令和８年度医療機関診療情報デジタル導入支援事業
医療機関が新たに電子カルテシステムを導入する際の経済的負担を軽減するための事業です。
＜補助対象者＞
- 東京都内で病院（病床配分決定を受け、新規に開設する病院を含む）または医科診療所を開設する者で、東京都知事が適当と認める者
＜補助対象経費＞
- 電子カルテシステムの新規導入を検討する上で発生する「調整業務」に係るコンサルタント費用
- 電子カルテシステム導入計画の策定費用
- 導入コストの算出費用
＜導入予定の電子カルテシステムへの要件＞
- 病院の場合、厚生労働省標準規格である「SS-MIX2ストレージ」または「HL7 FHIR記述仕様」のいずれかでの出力が可能であること
- 国が構築する「電子カルテ情報共有サービス」などの全国医療情報プラットフォームへの接続について検討すること
＜補助基準額と補助率＞
- 補助基準額：1医療機関当たり1,000千円（100万円）
- 補助率（200床以上の病院）：補助対象経費の2分の1
- 補助率（200床未満の病院および医科診療所）：補助対象経費の4分の3
＜補助事業実施期間＞
- 令和8年度（交付決定通知後から令和9年3月31日まで）
＜事業実施の条件＞
- 電子カルテシステムの導入に向けた具体的な取り組みを進めること
- 事業の効果検証のため、電子カルテシステムの導入状況などに関する調査に東京都へ協力すること
▼補助対象外となる事業
以下の機関、経費、および条件に該当する場合は補助の対象外となります。
- 補助対象外となる機関
- 国、地方自治法に規定される地方公共団体
- 地方独立行政法人や独立行政法人
- 国立大学法人
- 健康保険法に規定される保険医療機関ではない診療所
- 過去にこの補助金の交付を受けたことがある医療機関
- 東京都暴力団排除条例に規定される暴力団または暴力団員等が関与する法人・団体
- 補助対象外となる経費
- 既存の電子カルテシステムを更新する費用
- 部門システム（例：PACS、検査システムなど）を導入する費用
- 国や地方公共体の他の補助金等を充当する費用（二重受給）
- 手続き・運用上の対象外事項
- 交付決定通知前に行われた契約
- 令和9年3月末までに完了（報告書納品および支払完了）しない事業
補助内容
■令和８年度医療機関診療情報デジタル導入支援事業
＜基準額（上限額）＞
1医療機関あたり1,000千円（100万円）
＜補助率＞
| 区分 | 補助率 |
|---|---|
| 200床以上の病院 | 2分の1 |
| 200床未満の病院および医科診療所 | 4分の3 |
＜補助対象経費＞
- 電子カルテシステムを新たに導入することを検討する上で必要となる調整業務に係るコンサルタント費用
- 電子カルテシステム導入計画の策定業務
- 導入コストの算出業務
＜補助対象外経費＞
- 電子カルテシステムの更新費用
- 部門システムの導入費用
- 国や地方公共団体の他の補助金等を充当する費用
＜導入予定システムの要件＞
- 病院：厚生労働省標準規格「SS-MIX2ストレージ」または「HL7 FHIR記述仕様」で出力可能であること
- 共通：全国医療情報プラットフォームへの接続について検討を行うこと
対象者の詳細
補助対象者の基本要件
補助の対象となるのは、以下の条件をすべて満たす者です。
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所在地
東京都内に事業所があること。 -
医療機関の種類
① 病院を開設している者（病床配分決定を受け、新規に病院を開設する者も含む）、② 医科診療所を開設している者 -
都知事の認定
東京都知事が本事業の実施に適当であると認める者。
補助率と対象区分
補助金の上限基準額は1医療機関あたり1,000千円です。実際の補助率は医療機関の種類と病床数によって以下の通り異なります。
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200床以上の病院
補助率：補助対象経費の2分の1 -
200床未満の病院および医科診療所
補助率：補助対象経費の4分の3
事業実施およびシステムに関する要件
補助対象者が導入を検討する電子カルテシステムや事業運営に関し、以下の点も実質的な条件となります。
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電子カルテシステムの要件
① 電子カルテシステムの「新規導入」であること（更新・部門システム導入は不可）、② 厚生労働省標準規格（SS-MIX2ストレージ又はHL7 FHIR）に出力可能であること（病院の場合）、③ 全国医療情報プラットフォームへの接続について検討を進めること -
事業実施の条件
① 導入に向けた取り組みを着実に進めること、② 東京都が行う電子カルテ導入状況等の調査に協力すること
■補助対象外となる事業者
基本要件を満たす場合でも、以下のいずれかに該当する者は補助対象から除外されます。
- 国、地方公共団体、地方独立行政法人、独立行政法人、国立大学法人等の公的機関
- 保険医療機関ではない診療所（健康保険法第63条第3項第1号に規定するもの以外）
- 既にこの補助金の交付を受けたことがある医療機関
- 東京都暴力団排除条例に規定される暴力団及びその関係者
- 国や地方公共団体の他の補助金等を本事業の経費に充当する場合
留意事項：既存システムの更新費用や部門システムの導入費用は補助対象に含まれません。
※ご自身の医療機関が該当するかどうか等、詳細は東京都医療DX推進事業補助金事務局へお問い合わせください。
公式サイト
- 公式ホームページ
- https://www.hokeniryo.metro.tokyo.lg.jp/iryo/jigyo/h_gaiyou/digital_dounyu
- 東京都公式ホームページ（総合サイト）
- https://www.metro.tokyo.lg.jp/
- My TOKYO（公式ポータルサイト）
- https://www.my.metro.tokyo.lg.jp/
- 東京都防災ホームページ
- https://www.bousai.metro.tokyo.lg.jp/
- 保健医療局公式ホームページ
- https://www.hokeniryo.metro.tokyo.lg.jp/
- 医療機関診療情報デジタル導入支援事業実施要綱 （PDF）
- https://www.hokeniryo.metro.tokyo.lg.jp/documents/d/hokeniryo/2026-04-02-201435-075
- 医療機関診療情報デジタル導入支援事業補助金交付要綱 （PDF）
- https://www.hokeniryo.metro.tokyo.lg.jp/documents/d/hokeniryo/2026-04-02-201350-111
- 保健医療局医療政策部医療施設等施設・設備整備費等補助金に係る契約手続基準 （PDF）
- https://www.hokeniryo.metro.tokyo.lg.jp/documents/d/hokeniryo/2026-04-07-095025-189
- 医療機関診療情報デジタル導入支援事業補助金に係る交付申請書（別記第1号） （PDF/Excel）
- https://www.hokeniryo.metro.tokyo.lg.jp/documents/d/hokeniryo/2026-04-02-201510-258
- 医療機関診療情報デジタル導入支援事業計画書（別記第1号様式 別紙1） （PDF/Excel）
- https://www.hokeniryo.metro.tokyo.lg.jp/documents/d/hokeniryo/2026-04-02-201547-410
- 経費所要額調（別記第1号様式 別紙2） （PDF/Excel）
- https://www.hokeniryo.metro.tokyo.lg.jp/documents/d/hokeniryo/2026-04-02-201607-991
- 歳入歳出予算書（見込書）抄本
- https://www.hokeniryo.metro.tokyo.lg.jp/documents/d/hokeniryo/sainyuu
- 医療機関診療情報デジタル導入支援事業 補助金申請手続の手引 （PDF）
- https://www.hokeniryo.metro.tokyo.lg.jp/documents/d/hokeniryo/2026-04-02-210351-989
- 民間医療機関向け補助金 Q&A
- https://www.hokeniryo.metro.tokyo.lg.jp/iryo/jigyo/h_gaiyou/qa
- 補助金申請システムjGrants（令和８年度医療機関診療情報デジタル導入支援事業）
- https://www.jgrants-portal.go.jp/subsidy/a0WJ200000CDY6uMAH
- 東京都公式ウェブサイト「手続き・申請」カテゴリ
- https://www.metro.tokyo.lg.jp/purpose/apply
- My TOKYO 事業者向け「申請・届出」カテゴリ
- https://www.my.metro.tokyo.lg.jp/business/search/?category=188529
- 政策企画局
- https://www.seisakukikaku.metro.tokyo.lg.jp/
- デジタルサービス局
- https://www.digitalservice.metro.tokyo.lg.jp/
- 産業労働局
- https://www.sangyo-rodo.metro.tokyo.lg.jp/
- スタートアップ戦略推進本部
- https://www.startupandglobalfinancialcity.metro.tokyo.lg.jp/
令和８年度医療機関診療情報デジタル導入支援事業の申請受付期間は、令和8年4月15日から令和8年10月30日までです。原則としてjGrantsによるオンライン申請となります。
お問合せ窓口
- 募集期間内であっても、予算上限に達し、募集を締め切っている場合がありますので、あらかじめご了承ください。
- 施策のご利用にあたっては、公式のお問合せ窓口までお問い合わせください。